自學(xué)設(shè)計(jì)有哪些好用的網(wǎng)站？我要自學(xué)網(wǎng)，軟件自學(xué)網(wǎng)，網(wǎng)易云教室，騰訊教室，中國(guó)大學(xué)MOOC這些都不錯(cuò)如何進(jìn)行引物設(shè)計(jì)？如果這對(duì)通用引物沒(méi)有信號(hào)，說(shuō)明這兩個(gè)位置有SNP，導(dǎo)致沒(méi)有擴(kuò)增?？梢詤⒖紟追N方法。1

自學(xué)設(shè)計(jì)有哪些好用的網(wǎng)站？

我要自學(xué)網(wǎng)，軟件自學(xué)網(wǎng)，網(wǎng)易云教室，騰訊教室，中國(guó)大學(xué)MOOC這些都不錯(cuò)

如何進(jìn)行引物設(shè)計(jì)？

如果這對(duì)通用引物沒(méi)有信號(hào)，說(shuō)明這兩個(gè)位置有SNP，導(dǎo)致沒(méi)有擴(kuò)增?？梢詤⒖紟追N方法。

1：你可能知道這種細(xì)菌的種類和屬，所以去NCBI找到相關(guān)種類的16S序列，做序列比對(duì)，設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，擴(kuò)增全長(zhǎng)，然后測(cè)序。

2：你根本不了解物種。你可以在網(wǎng)上找到更多的入門知識(shí)。最好放大v3v4區(qū)或V4區(qū)。在放大了其中一些之后，你可以對(duì)它們進(jìn)行排序和比較。一般來(lái)說(shuō)，你可以確認(rèn)屬，然后按照1的方法。

3:如果部分序列可以通過(guò)方法2擴(kuò)增，但全長(zhǎng)引物未能擴(kuò)增，則將獲得的部分序列用作race。

4:以上所有操作均失敗。第二代的DNA被提取和測(cè)序，基因組被直接測(cè)量（如果你認(rèn)為成本太高，你可以減少數(shù)據(jù)量進(jìn)行比較）。

做RT-PCR設(shè)計(jì)引物時(shí)，找引物序列有哪些好方法？

引物可以由一些軟件設(shè)計(jì)，如primer 5，但需要注意一些細(xì)節(jié)。例如，1。引物應(yīng)設(shè)計(jì)在模板cDNA的保守區(qū)。DNA序列的保守區(qū)是通過(guò)比較物種間的相似序列來(lái)確定的。在NCBI上搜索不同物種的同一基因，通過(guò)序列分析軟件（如dnaman）比對(duì)，每個(gè)基因的同一序列為該基因的保守區(qū)。2引物的長(zhǎng)度一般在15到30堿基之間。引物長(zhǎng)度一般為18～27bp，但不宜超過(guò)38，因?yàn)檠由鞙囟却笥?4℃，不適合taqdna聚合酶反應(yīng)。三。引物的GC含量在40%～60%之間，TM值應(yīng)接近72℃。GC含量過(guò)高或過(guò)低都不利于引發(fā)反應(yīng)。上下游引物的GC含量不宜相差太大。另外，上下游引物的TM值（熔化溫度）是寡核苷酸的斷鏈溫度，即50%雙鏈寡核苷酸在一定鹽濃度下的溫度。有效啟動(dòng)溫度一般比TM值高5～10℃。按公式TM=4（gc）2（at）估算引物TM值時(shí)，有效引物TM值為55～80℃，最佳復(fù)性條件下，有效引物TM值應(yīng)接近72℃。

怎樣選擇合適的引物？

在PubMed網(wǎng)站上找到相應(yīng)基因的mRNA序列，復(fù)制到引物設(shè)計(jì)軟件（如primer premier），軟件會(huì)設(shè)計(jì)不同的正、負(fù)鏈引物，選擇合適的一個(gè)（得分較高），復(fù)制到PubMed網(wǎng)站，下拉框中有PubMed blast，粘貼軟件設(shè)計(jì)的前、后引物，通過(guò)搜索結(jié)果判斷引物是否正確、特異。