安裝lammps前需要安裝fftw和mpich嗎？必須記住安裝路徑。編譯lammps時(shí)，需要修改makefile。G文件。您需要使用fftw和MPICH的路徑。另外，系統(tǒng)還需要安裝g，或者直接安裝bu

安裝lammps前需要安裝fftw和mpich嗎？

必須記住安裝路徑。編譯lammps時(shí)，需要修改makefile。G文件。您需要使用fftw和MPICH的路徑。另外，系統(tǒng)還需要安裝g，或者直接安裝build sential。fftw最好使用2-1.5版本，MPICH最好使用2-1.5版本。建議不要在筆記本電腦上運(yùn)行l(wèi)ammps，這樣會(huì)對(duì)筆記本電腦造成很大傷害。用筆記本電腦測(cè)試是可行的。一般來說，lammps的計(jì)算量很大，需要數(shù)百萬步。用一個(gè)CPU計(jì)算太慢，所以lammps通常是并行版本，這意味著可以使用多個(gè)CPU同時(shí)執(zhí)行相同的計(jì)算。當(dāng)有計(jì)算任務(wù)時(shí)，先用腳本測(cè)試腳本是否可以運(yùn)行，用VMD檢查模型是否符合您的要求，如果沒有問題，再帶到桌面上運(yùn)行。fftw的安裝路徑可以自己選擇，但如果不在主文件夾中，則需要作為根目錄安裝。如果安裝過程中沒有錯(cuò)誤，則安裝成功。

lammps該怎么入門？

我忘了我在研究生畢業(yè)后用過lammps。現(xiàn)在我已經(jīng)工作十年了。我一直在研究所從事結(jié)構(gòu)動(dòng)力學(xué)實(shí)驗(yàn)。我差點(diǎn)忘了。我不敢相信，當(dāng)我讀到我的論文和之前的幾十個(gè)G文獻(xiàn)和計(jì)算數(shù)據(jù)時(shí)，我自己也這么做了。

這里我只能提供一個(gè)想法。我真的忘了細(xì)節(jié)。首先，在使用lammps時(shí)，我們需要熟悉分子動(dòng)力學(xué)。我們是一名兩年半的研究生。在我大四的第一年，我從事有限元計(jì)算。第二年，我花了將近一年的時(shí)間閱讀分子動(dòng)力學(xué)相關(guān)的文獻(xiàn)，但我什么也沒做。第三年，我開始計(jì)算和寫論文，半年就完成了。我覺得雖然碩士課程很淺，但我的基礎(chǔ)還是比較扎實(shí)的。

在大學(xué)里，我喜歡扔Linux發(fā)行版。筆記本已格式化n次。實(shí)際上，學(xué)習(xí)Linux的過程已經(jīng)省略了，所以我可以直接編譯lammps。

程序從官方網(wǎng)站下載最新版本，勢(shì)函數(shù)記不清在哪里找，基本根據(jù)文獻(xiàn)，還試著自己寫勢(shì)函數(shù)，結(jié)合atom和VMD可視化，用MATLAB分析，源代碼繪圖，基本夠用。

學(xué)習(xí)路徑基本上是由易到難，先做最簡單的例子，然后需要在文獻(xiàn)中重現(xiàn)結(jié)果，根據(jù)自己的題目選擇合適的勢(shì)函數(shù)，需要做大量的驗(yàn)證，包括材料參數(shù)的計(jì)算，結(jié)晶過程的計(jì)算等。當(dāng)然，我們必須根據(jù)計(jì)算機(jī)的計(jì)算能力來確定計(jì)算規(guī)模。

如果不懂，可以查文獻(xiàn)，查文獻(xiàn)，查文獻(xiàn)。一開始我也在小木蟲論壇，里面有很多神。總之，如果你試著多做些例子，你就可以開始了。

現(xiàn)在我基本上是外行了。如果我說錯(cuò)了什么，我會(huì)原諒你的。目前，還可以討論結(jié)構(gòu)動(dòng)力試驗(yàn)的相關(guān)問題。

lammps中怎么固定一族原子？

您可以使用dump命令，添加FX、FY和FZ。這三項(xiàng)是力在三個(gè)方向上對(duì)每個(gè)原子的分量。例如：dump 2 subgroup custom 1000轉(zhuǎn)儲(chǔ).atomID FX FY FZ lammps將每1000個(gè)時(shí)間步改變稱為“子群”的群中所有原子的序列號(hào)和三個(gè)方向上的應(yīng)力